Theo Điều 2, Quyết định số 928/QĐ-BNN-TCCB ngày 24 tháng 3 năm 2017 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Cục Bảo vệ thực vật có các nhiệm vụ, quyền hạn trong các lĩnh vực chính:

• Phòng, chống sinh vật gây hại thực vật.
• Kiểm dịch thực vật.
• Quản lý thuốc bảo vệ thực vật.
• Quản lý phân bón.
• Quản lý an toàn thực phẩm đối với sản phẩm có nguồn gốc thực vật từ công đoạn sản xuất ban đầu đến thu hoạch, sơ chế, bảo quản, vận chuyển kinh doanh; kiểm tra an toàn thực phẩm xuất khẩu, nhập khẩu.
• Xử lý rào cản kỹ thuật về xuất khẩu, nhập khẩu sản phẩm có nguồn gốc thực vật theo phân công của Bộ trưởng và quy định pháp luật.
• Cấp, cấp lại, gia hạn, thu hồi giấy phép, giấy chứng nhận thuộc phạm vi quản lý của Cục và hướng dẫn, kiểm tra việc thực hiện theo quy định.
• Thẩm định, đánh giá, chỉ định, công nhận và quản lý hoạt động của phòng, đơn vị thử nghiệm, kiểm nghiệm, kiểm định, đánh giá sự phù hợp về thuốc bảo vệ thực vật, phân bón, an toàn thực phẩm thuộc phạm vi quản lý của Cục theo quy định pháp luật.